工造司中会有第一个枘凿六合关卡，通过后会解锁地图中各个角落的其他魔方关卡。和工造司中的智囊对话后就可以开启第一个枘凿六合的挑战了，不同版本的枘凿六合玩法会发生些许改变。第一个版本的枘凿六合只需要观察两侧的投影并选中重叠区域，从而在指定地块铺设方块道具。当虚实方块与两侧的薄板对应一致时就能成功通过当前的枘凿六合关卡，其他的关卡需要在后续探索地图时才能遇到。
通过屏风能够穿行到工造司的另一个区域，这里也会有几个枘凿六合关卡。在店铺前的广场中心能够发现第二个魔方道具，与之交互就能开启新一关的枘凿六合。这一关的投影外侧都是虚方块，而内侧都是实方块，因此只需要把对角的两个方块铺设出来就可以了。在港口区域会遇到第三个魔方关卡，这时中心的方块是固定的，无法增设额外的方块。想要让方块与薄板对应只能通过旋转魔方实现，魔方只能按行或者按列旋转，无法单独旋转某一个方块的角度。
重制版的枘凿六合则是增加了铺设方块的环节，但每个新方块只能建立在已经存在的方块旁边。如果中间没有其他方块，是无法直接在空气处增加新方块的。重制版枘凿六合只能通过完成前面的所有魔方关卡才能解锁，这时会收到魔方会社发来的短信，之后就可以继续在大地图寻找隐藏的关卡了。
